キューブメッシュの作成(bpy.ops.mesh.primitive_cube_add)にかなり時間がかかる印象でしたので測定してみました。作成数にキレイに比例するようです。2,000個あたりではキューブメッシュ１つ作成するのに0.1秒かかりました。これでも十分遅いように思います…